Ο τελευταίος μητροπολίτης της Σμύρνης, το ποίμνιο της οποίας έμεινε και υπερασπίστηκε τις ημέρες της επιδρομής των Τούρκων και του ξεριζωμού. Πιάστηκε και στις 27 Αυγούστου 1922 γνώρισε μαρτυρικό θάνατο. Η Ορθόδοξη Εκκλησία της Ελλάδας τον κατέταξε στους αγίους και εθνομάρτυρες. Ο Χρυσόστομος ήταν μητροπολίτης Σμύρνης από το 1910. Έζησε εκεί και διαχειρίστηκε με σθένος όλες τις δύσκολες για τον ελληνικό πληθυσμό της Μικράς Ασίας καμπές των Βαλκανικών Πολέμων, των ξένων επεμβάσεων, των παλινωδιών της κατά καιρούς ελληνικής ηγεσίας, των ανακολουθιών του σουλτάνου, των φανατικών εκδηλώσεων των Νεότουρκων... Αντίστοιχες δυσκολίες είχε συναντήσει και νωρίτερα ως μητροπολίτης Δράμας, Φιλίππων και Ζιχνών (από το 1902), διότι τα νοσοκομεία, ορφανοτροφεία, σχολεία, γυμναστήρια και τα σπίτια για τους καπνεργάτες που ίδρυσε με χρήματα της Εκκλησίας προσέφεραν μεν ανακούφιση στους υπόδουλους Ελληνες, αλλά προκάλεσαν την μήνιν του βουλγαρικού κομιτάτου και των Οθωμανών. Δύο φορές επιχείρησαν να τον διώξουν. Το πέτυχαν αρχικά το 1908 και κατόπιν το 1910, οπότε ο Χρυσόστομος στάλθηκε από το Πατριαρχείο στη Σμύρνη. Ο Χρυσόστομος καταγόταν από οικογένεια νομικών (Νικόλαος Καλαφάτης και Καλλιόπη Λεμονίδου, οι γονείς του) από τα Τρίγλια της Βιθυνίας, που υποστήριζε χριστιανούς ενώπιον των τουρκικών δικαστηρίων. Ξεκίνησε από διάκονος, σπούδασε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης και ανέβηκε σταδιακά την εκκλησιαστική ιεραρχία, αφήνοντας συνέχεια πίσω του πλούσιο κοινωφελές έργο.